漁業資源與生態系統研究室是黃海水產研究所創新體系的重要組成部分，是我國歷史最為悠久的海洋漁業資源研究機構和我國漁業聲學應用研究的發源地。主要研究領域包括漁業生物學基礎及其資源評估；種群動力學與資源補充機制；食物網與生態系統動力學；資源增殖理論與生態安全；海洋生態系健康與生態系統水平上的漁業管理；極地與遠洋漁業。近年來，承擔了國家973、863、公益性行業（農業）科研專項、國家自然科學基金資助項目、國際合作等重大項目以及農業部、山東省科研項目等，初步建立了具有顯著陸架特色的我國近海生態系統動力學理論體系，推動了國際GLOBEC研究的發展；建立了黃渤海不同水域的食物網模型，為漁業資源增殖容量與生態風險評估奠定了基礎；系統開展了我國專屬經濟區和大陸架海洋生物資源與生物多樣性調查與評估，并依據分子生態學理論開發重要漁業生物種群甄別的分子技術，為海洋生物資源的保護、漁業管理做出了重要貢獻。

目前，實驗室在職科研人員31人，其中具高級職稱者16人；院士1人；中國水產科學研究院學科首席科學家1人；重點研究領域首席科學家1人；博士、碩士研究生導師8名，與多所大學聯合培養博士、碩士研究生。

重點任務：依據《中國水生生物資源養護行動綱要》確立的指導思想、基本原則和目標，針對目前我國水生生物資源利用與養護工作存在的突出問題，依托現有工作基礎，選擇對《綱要》有重大支撐作用的基礎性項目、在國內外能夠產生重大影響的項目、具有典型性和重大示范推廣作用的科研項目進行安排。通過漁業資源評估及其漁業生物學基礎、種群動力學與資源補充機制、食物網與生態系統動力學、資源增殖理論與生態安全、大海洋生態系健康與可持續開發管理等研究，增強我國水生生物資源養護能力，提高水生生物資源養護的管理和技術支撐水平，逐步建立并形成完善、科學、規范的水生生物資源養護體系，充分發揮各科研項目的生態、社會和經濟效益，為今后全面開展水生生物資源養護工作奠定基礎。